Фамилия Манишина образована от имени Маниша, которое является производной формой церковного имени Мануил, а оно, в свою очередь, — вариант имени Иммануил. С древнееврейского это имя переводится как «с нами Бог». В русской традиции имя Мануил и его уменьшительные формы, такие как Маниша, были распространены в среде простых людей. Скорее всего, основатель рода Манишиных принадлежал к крестьянскому или посадскому сословию: именно в этих слоях имя давали не по святцам строго, а в обиходном, сокращённом виде. Фамилия построена по стандартной для восточнославянских земель модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Манишин, то есть сын или потомок Маниши. Эта словообразовательная схема — одна из самых частых в русских фамилиях, и она чётко говорит о том, что фамилию получили не дворяне, а люди, чьё родовое прозвище пошло от имени отца. Встречается фамилия в основном в центральных регионах России, хотя точная география бытования требует отдельного исследования по архивным данным. Таким образом, носители фамилии Манишина — потомки человека по имени Маниша, и в этой фамилии сохранилась память о давнем, почти забытом варианте библейского имени.