Фамилия Манишева, скорее всего, имеет тюркские корни. В её основе лежит мужское имя Маниш, которое является вариантом имени Манас. В переводе с тюркского оно означает «бесстрашный богатырь» — такое прозвище или имя мог получить родоначальник, отличавшийся силой и отвагой. Модель образования фамилии типична для южных и восточных регионов России: к основе на согласный добавляется русский суффикс принадлежности -ев- (Маниш + ев), а затем окончание, указывающее на женскую линию рода.

Менее вероятна версия, что фамилия происходит от имени Маня. В этом случае её следовало бы писать через суффикс -ин- (Манина), а не -ев-, что делает эту гипотезу слабой с точки зрения словообразования. Однако если отбросить русскую огласовку, имя Маня в переводе с древнееврейского означает «любимая, желанная» или «госпожа».

Интересно, что фамилия Манишева стоит в ряду польских, белорусских и украинских фамилий на Ман- (Манич, Маневич, Маневский, Манкевич). Все они восходят к разговорным формам церковного имени Иммануил (Мануил), которое означает «с нами Бог». Но в случае с Манишевой эта связь менее очевидна: суффикс -ев- редко встречается в польско-белорусской традиции, где чаще используют -ович/-евич или -ский. Поэтому тюркская версия — с прозвищем «богатырь» — выглядит и географически, и лингвистически более убедительной. Окончательно установить происхождение можно только в ходе генеалогического исследования конкретной семьи.