Фамилия Манышина — женская форма от Манышин, и её происхождение стоит искать не в очевидных именах, а в прозвищах, которые были распространены в русских говорах. Основа «Маныш» или «Маныша» — это не церковное имя, а, скорее всего, диалектное слово, сохранившееся в северных и уральских областях. В некоторых говорах «маныш» означало «маленький, недоросль», а в других — «тихий, скромный человек» или даже «ласкательное обращение к младшему». Таким образом, фамилия могла закрепиться за человеком невысокого роста, младшим в семье или обладателем кроткого нрава.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Манышин буквально означает «сын или потомок Маныши». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или уменьшительных форм имён, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались на юге и востоке, фамилии на -ин более характерны для северных и центральных регионов России, что косвенно подтверждает возможную северную или вологодскую привязку корня.

Не исключена и менее вероятная версия, связывающая основу с тюркскими корнями, где «маныш» могло быть искажённым личным именем или прозвищем со значением «понимающий» или «разумный». Однако для русской фамилии с суффиксом -ин такая гипотеза слаба: тюркские заимствования обычно давали фамилии на -ов (например, Манышев), а форма Манышин плотнее привязана к славянской словообразовательной традиции.

Встречаемость фамилии Манышина невысока, она не относится к распространённым дворянским или купеческим родам. Скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами или посадскими людьми, жившими в северных губерниях, где прозвища на -ша были особенно популярны. Сравните с фамилиями Манышев, Манышевский — они имеют ту же основу, но разное происхождение: первые могли возникнуть на юге, вторые — от географических названий. Манышина же — фамилия, которая прямо говорит: «вот человек, чей предок звался Манышей», и это прозвище, скорее всего, описывало его внешность или характер.