Фамилия Манышкин образована от прозвища Манышка, а его корни, скорее всего, тюркские. В основе лежит слово «маныш», которое в ряде тюркских языков означает «быстрый», «торопливый» или «проворный». Такое прозвище могли дать человеку с живым, подвижным характером или тому, кто всё делал быстро, но иногда и чересчур поспешно.

Однако прозвище могло быть и не личным, а топонимическим. Деревня Маныш существует в Пермском крае, а село Маныш — в Туркмении. В таком случае прозвище получил человек, переселившийся из одного из этих мест. Связь фамилии с географическим названием — распространённое явление, и для Манышкина эта версия вполне состоятельна.

Фамилия построена по стандартной русской модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: Манышкин — «сын Манышки» или «человек из рода Манышки». Эта модель была особенно распространена в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин часто вытесняли более южные варианты на -ов. Если ваши предки носили фамилию Манышкин, они вполне могли быть выходцами из Прикамья или из регионов с тюркским населением, где такие прозвища бытовали.

В ономастических трудах эта фамилия не относится к числу широко изученных, но её структура и корень хорошо вписываются в общие закономерности формирования русских фамилий из тюркских заимствований.