Фамилия Манышкин имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркского прозвища Манышка. Фамилия Манышкин образована от прозвища Манышка, в основе которого лежит тюркское слово «маныш» - «быстрый, торопливый». Однако нельзя исключить, что родоначальник Манышкиных жил в населенном пункте с таким названием (например, деревня Маныш есть в Пермском крае, село Маныш — в Туркмении).