Фамилия Малыжихин — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. В основе лежит не имя и не профессия, а местный говор: слово «малыга» или «малыжка» в южнорусских и, особенно, в курско-орловских говорах означало не просто маленького человека, а нечто мелкое, недоросшее — будь то хилый поросёнок, невызревший колос или, по отношению к человеку, низкорослый, тщедушный подросток. Прозвище Малышка или Малыга давали человеку невысокого роста или младшему в семье, но с экспрессивным, чуть пренебрежительным оттенком.

Главная особенность — суффикс «-ихин». Это не обычное притяжательное окончание (как в фамилиях на «-ин» от имён вроде Иван — Иванов). Суффикс «-их-» в русских фамилиях характерен для северных и центральных областей, но в форме «-ихин» он встречается реже, чем просто «-их» (Коротких, Седых). Малыжихин — это вариант, где к прозвищу Малыга добавили сначала суффикс принадлежности «-их-» («чей?» — Малыгих), а потом уже стандартный «-ин» для склоняемости. По сути, фамилия означает «из рода Малыги» или «сын Малыгиха» (где «Малыгих» — это двор или семья).

В дореволюционных переписях носители фамилии почти не встречаются за пределами Курской и Орловской губерний. Это не дворянская и не купеческая фамилия — она типична для крестьян-однодворцев, которые в этих краях составляли особое сословие, сочетавшее черты крестьянства и мелкопоместных землевладельцев. Именно в среде однодворцев, говоривших на своеобразных говорах, и закрепились фамилии на «-ихин», потому что они подчёркивали родовую принадлежность: «ты чей?» — «Малыжихин», то есть из семьи того самого Малыги.

Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным глаголом «малыжить» (медлить, копаться, делать кое-как). В этом случае прозвище Малыга мог получить медлительный или нерадивый работник. Но первая версия — от роста или возраста — встречается в ономастике чаще и логичнее: почти у каждой русской фамилии есть «уменьшительный» аналог, и Малыжихин — это точная параллель к фамилиям Малышев, Малыхин и Мальцев, но с узкой региональной окраской.