Фамилия Мамоджанов — яркий пример того, как тюркские имена и прозвища адаптировались в русской фамильной системе. Её основа — мужское имя Мамоджан, которое в свою очередь является сложносоставным. Первая часть, «Мамод», — это один из вариантов произношения имени Мухаммад (Магомед), очень распространённого в исламском мире. Вторая часть, «джан», с персидского и тюркских языков переводится как «душа», «жизнь» или используется как ласковое обращение, близкое к «дорогой», «любимый». Таким образом, имя Мамоджан можно истолковать как «душа Мухаммада» или «дорогой, как Мухаммад», что подчёркивало религиозную значимость и тёплое отношение к ребёнку.

Словообразовательная модель фамилии — классическая для русификации нерусских имён. К основе «Мамоджан» добавили русский суффикс принадлежности -ов, который отвечает на вопрос «чей?». Фамилия Мамоджанов буквально означала «сын Мамоджана» или «из рода Мамоджана». Такая схема массово закреплялась за представителями народов Кавказа и Средней Азии при документировании в Российской империи и СССР, когда местные имена вписывали в паспорта по русскому образцу.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где распространены иранские и тюркские языки с элементом «джан», и одновременно популярно имя Мухаммад. Скорее всего, корни Мамоджановых лежат в Средней Азии (особенно в Узбекистане и Таджикистане) или среди тюркоязычных народов Кавказа. Встречаются и варианты написания — Мамаджанов, Мамеджанов, что связано с разным произношением имени Мухаммад в местных диалектах.

В отличие от многих фамилий, у которых спорная или угасшая этимология, значение Мамоджанов прозрачно и не вызывает разночтений. Это не прозвище по ремеслу или внешности, а прямое указание на имя отца, причём имя это несло в себе двойной культурный код: арабский (через исламского пророка) и персидско-тюркский (через ласковое «джан»). Фамилия не древняя — она возникла не раньше XIX века, когда начался массовый учёт населения на окраинах империи, но зато хорошо сохраняет звучание живой речи, где ребёнка называли не сухим официальным именем, а с теплотой.