Основой фамилии Манчилина послужило мирское имя Манчила. Мирское имя Манчила берет начало от устаревшего прилагательного «манчивый» со значением «блажной, безумный». Так, нарекая младенца Манчилой, родные хотели, чтобы он вырос здоровым, разумным и рассудительным. Возможно также, что фамилия Манчилина образована от прозвища Манчила. Оно, предположительно, восходит к диалектному существительному «манчик», которым в сибирских говорах называют «некладеного упряжного оленя». Вероятно, именование Манчила относится к профессиональным и указывает на род деятельности его обладателя. Так могли назвать человека, державший стадо оленей. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Манчила, со временем получил фамилию Манчилин.