Фамилия Манчилин образована от имени или прозвища Манчила, и её происхождение неоднозначно: есть две основные версии, связанные с разными корнями.

Первая версия — от мирского имени Манчила, которое давали в дохристианской Руси. Его основа — устаревшее прилагательное «манчивый», означавшее «блажной, безумный». Такое имя было оберегом: родители нарекали им ребёнка, чтобы отвести от него настоящие беды и вырастить его здоровым и рассудительным. По народным поверьям, злые силы не трогали тех, кого уже «обозвали» нехорошим словом.

Вторая версия — от прозвища Манчила, связанного с родом занятий. В сибирских говорах «манчик» — это некладеный (некастрированный) упряжной олень. Прозвище Манчила могли дать оленеводу, человеку, который держал и пас стадо. В таком случае фамилия указывает на профессиональную принадлежность предка.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Манчилин, то есть сын или потомок Манчилы. Эта модель типична для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я.

Какая из версий правдоподобнее? Обе имеют право на существование, но первая (от мирского имени-оберега) встречается в русской ономастике чаще и поддерживается фактом существования слова «манчивый» в диалектах. Вторая версия более узкая и привязана к конкретному региону — Сибири. Возможно, в разных ветвях рода Манчилиных фамилия возникла независимо и по разным причинам.