Фамилия Манифантьев — один из тех редких случаев, когда за основу взято не крестильное имя и не прозвище, а календарное, но в неожиданной, почти неузнаваемой форме. Корень здесь — мужское имя Манифант, которое представляет собой народную переделку церковного имени Амфилохий. В русской традиции длинные и неудобные греческие имена нередко сокращали и переиначивали до неузнаваемости: так Амфилохий превращался в Филоха, Пафнутий — в Панюта, а в данном случае — в Манифанта. Суффикс -ев указывает на стандартную модель русской фамилии: Манифантьев — это «сын Манифанта».

Версия о происхождении от латинского «manifestus» (явный, очевидный) или от французского «manifeste» (манифест) — соблазнительна, но маловероятна. Такие заимствования в русские фамилии проникали крайне редко и только через прозвища, а для этого нужно было бы, чтобы предок был связан с оглашением указов или обладал крайне прямолинейным характером. Прямых лингвистических подтверждений этой гипотезе нет. Гораздо надёжнее — бытовое переосмысление редкого имени.

Фамилия Манифантьев — штучная, географически привязана в основном к северным и центральным губерниям России, где старые церковные имена дольше сохранялись в народном произношении. Встретить её сегодня можно, но число носителей невелико. Социальный состав предков — скорее всего, крестьяне или мещане: сложные календарные имена в XVI–XVII веках давали не столько по моде, сколько по святцам, и в простонародье они «обкатывались» до удобных форм. Дворянский род с такой основой — редкость, и документальных свидетельств о нём нет.

Интересно, что имя Манифант фиксируется в старых метрических книгах как самостоятельное, а не как случайная описка писаря. Это значит, что для предков носителей фамилии оно звучало естественно, как, скажем, Пантелеймон или Макарий. Фамилия Манифантьев — живое напоминание о том, как церковная книжность преломлялась в живой речи, превращая «Амфилохия» в «Манифанта».