Фамилия Маникатова — женская форма от Маникатов, и её разговорная, «домашняя» природа заметна уже по суффиксу. В отличие от массовых -ов/-ев, фамилии на -атов встречаются реже и часто указывают на прозвищное происхождение: основа могла быть нецерковным именем или бытовой характеристикой человека. Если отбросить окончание -а, остаётся корень «Маникат», который явно не календарный и не крестильный.

Самая вероятная версия выводит фамилию из тюркских языков, где «маныка» или «манык» означает «маленький», «крошечный», «детёныш». В татарской и башкирской среде такое слово могло стать ласковым прозвищем младшего сына, невысокого мужчины или просто ребёнка. Суффикс -ат в русской адаптации — это либо вариант -ит (сравните «плешивый» — «Плешатов»), либо результат оглушения и переоформления тюркского окончания. Таким образом, Маникатов — это «сын того, кого звали Маныка», то есть Маленького.

Есть и менее вероятная, но любопытная версия: связь с греческим «маника» — «безумие», «одержимость». В русские говоры это слово могло попасть через церковную или книжную среду, но тогда фамилия звучала бы скорее как Маниаков или Маников. Фонетика «Маникатов» ближе к тюркским корням, чем к греческим.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками шло русско-тюркское смешение. Носители Маникатовых чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Самарской областях. Социальный состав традиционный: крестьяне и мещане, реже — купечество, но не дворянство. Фамилия не попала в родословные книги, что подтверждает её «низовое» происхождение.

Словообразовательная модель проста: прозвище Маника (Маныка) → притяжательное прилагательное Маникатов (чей сын?) → фамилия. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Мани́катов, хотя в разговорной речи встречается и вариант на третий. В документах XVIII–XIX веков фамилию могли записывать через «ы» — Маныкатов, что ещё крепче привязывает её к тюркскому «манык».