Фамилия Маникаева образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ев от мужского имени или прозвища Маникай. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Маникаева буквально означает «дочь (или жена) Маникая». В основе лежит тюркское имя Маникай, которое состоит из двух частей: «мани» (в тюркских языках — «жемчужина», «драгоценность», хотя есть и значение «смысл», «значение») и уменьшительно-ласкательного суффикса -кай. Таким образом, имя Маникай можно перевести как «жемчужинка» или «драгоценный». Это имя было распространено у татар, башкир и других тюркских народов, откуда и перешло в русскую фамильную систему.

Географически фамилия Маникаева чаще всего встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где веками происходило смешение русского и тюркского населения. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители этой фамилии фиксировались в Казанской, Уфимской и Оренбургской губерниях. Это говорит о том, что предок современного носителя фамилии, скорее всего, был крещёным татарином или башкиром, либо русским, получившим прозвище от тюркского соседа.

Интересная деталь: у фамилии есть вариант написания с буквой «о» — Маникоев. Это не ошибка, а следствие акающего произношения, когда безударное «а» в некоторых говорах записывали как «о». Встречается и форма Маникаев без суффикса -ев (как вариант основы), но она значительно реже. В отличие от фамилий на -ин, где основа чаще всего заканчивается на -а/-я, фамилия Маникаева сохранила тюркский корень почти без изменений, что делает её прозрачной для этимологического анализа.

Если говорить о социальном контексте, то в XIX веке фамилия Маникаева не была дворянской — её носители числились в основном среди государственных крестьян и мещан. Это не умаляет её ценности как маркера этнической и культурной истории: она прямо указывает на тюркский след в русском антропонимиконе и на многовековое соседство народов.