Фамилия Маникаев — довольно редкая и при этом прозрачная по составу. Её основа — тюркское мужское имя Маникай. Формант -ев указывает на русский способ образования фамилий: «чей?» — «сын Маникая» или «потомок Маникая». В этом смысле фамилия ничем не отличается от тысяч других на -ов/-ев, но интересен именно корень.

Имя Маникай (варианты — Манакай, Маныкай) — сложное. Скорее всего, оно восходит к тюркскому «ман» (родимое пятно, метка) или «ман» в значении «я». Вторая часть «кай» — уменьшительно-ласкательный аффикс, характерный для татарских, башкирских, казахских имён. Таким образом, Маникай могло означать «мой с родинкой» или «пятнышко» — типичное охранительное имя-оберег, которое давали, чтобы уберечь ребёнка от сглаза. Встречается также версия, что имя связано с диалектным «маникать» (медлить, мешкать), но это маловероятно: фамилия явно не славянского корня.

Географически фамилия Маникаев чаще всего встречается среди татар, башкир и в Оренбургской области. Это указывает на регионы, где веками жили тюркские народы, а затем, после крещения или перехода в православие, их имена фиксировались в русских документах с русскими суффиксами. Носители фамилии могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми — например, казаками или толмачами, поскольку в XVI–XVII веках многие тюркские имена попадали в российские переписные книги именно через пограничные службы.

Стоит обратить внимание на ударение. В большинстве случаев оно падает на третий слог: Маника́ев. Но в татарской среде возможно ударение на второй слог — Мани́каев, что ближе к исконному произношению имени. Встречаются и варианты написания с одной «н» — Маникаев, что не меняет этимологии.