Фамилия Маникова — женская форма фамилии Маников. В основе её лежит мужское прозвище или имя Маник. Самая вероятная версия: Маник — уменьшительная форма от крестильных имён Мануил (от древнееврейского «с нами Бог») или Емельян (от латинского «льстивый, приятный в слове»). На русской почве такие усечения были обычны: Маня, Манька, Маник. Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: «сын Маника» или «из рода Маника».

Есть и другой вариант, более редкий. В некоторых говорах «маник» называли человека, который носил рубаху с длинными рукавами (от «манить» — привлекать, обманывать) или того, кто любил поманить, пригласить жестом. Прозвище могло закрепиться за хитроватым, льстивым человеком. Но эта версия менее надёжна: для прозвищ от глаголов чаще использовали суффиксы -к-а (Манилка), а не -ик.

Фамилия Маников встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях. Там имена Мануил и Емельян были популярны, а суффикс -ик характерен для северных говоров. В переписных книгах XVII века можно найти крестьян и посадских людей с этим прозвищем, но массовый выход фамилии в документы пришёлся на XIX век, когда крестьянам начали массово давать фамилии по имени отца.

В современном русском языке фамилия Маникова нечастая. Её носительницы — потомки тех самых Маников, живших в северных деревнях. Фамилия не дворянская, не купеческая — она из крестьянской среды, что прослеживается и по географии, и по простоте модели образования.