Фамилия Маниковская — типичный пример того, как географическое название превратилось в родовое имя. Её основа — топоним, скорее всего, название населённого пункта вроде Маниково, Маниковка или Маниковцы. Такие деревни и хутора существовали на территории современных Беларуси, Украины и западных областей России. Человек, переселившийся оттуда, получал прозвище «Маниковский», а его потомки закрепили это прозвище как фамилию.

Суффикс -ск- в сочетании с окончанием -ая (Маниковск-ая) указывает на принадлежность к дворянскому или шляхетскому роду в прошлом. В Речи Посполитой и Российской империи фамилии на -ский/-цкий первоначально носили помещики, владевшие землёй с таким названием. Однако со временем эта модель распространилась и среди крестьян и мещан, особенно после отмены крепостного права, когда многим давали фамилии по месту рождения или прежнего проживания.

Корень «Маник-» менее прозрачен. Самая прямая версия — от мужского имени Маник, которое является уменьшительной формой от канонического имени Мануил (древнееврейское «с нами Бог»). В польском, украинском и белорусском языках такие сокращения были обычны: Маник, Манек, Манько. Возможна и связь с польским словом manik — «маленький, щуплый человек», но это менее вероятно, так как фамилии на -ский редко образовывались напрямую от прозвищ с отрицательной окраской.

Встречается и другой вариант написания — Маниковская (с двумя «н» в корне). Это не ошибка, а результат разного произношения в местных говорах или путаницы при записи в метрических книгах. Фамилия редкая, её носители рассеяны по всей бывшей территории Российской империи, но чаще всего встречаются на западе Беларуси и в Волынской области Украины.