Фамилия Маникин образована от прозвища Маника. В основе — диалектное слово, которым в старину называли деревянную планку, прикрепленную к ручке садовых ножниц. Скорее всего, прозвище дали либо по сходству: высокий и худой человек напоминал эту длинную планку, либо по профессии: садовник, работавший таким инструментом. Обе версии равноправны, но «профессиональная» встречается у фамилий на -ин чаще, чем чисто внешняя характеристика.

Модель образования простая: суффикс -ин указывает на принадлежность — «сын Маники» или «из семьи Маники». Такая патронимическая форма типична для русских фамилий, возникших от прозвищ на -а/-я. Фамилия Маникин фиксируется в основном в центральных и северных областях России, где садоводство было развито, а диалектное слово сохранялось в быту.

Интересная деталь: однокоренных фамилий в русском языке почти нет. Это говорит о том, что прозвище Маника было редким и локальным. Ни словарь Веселовского, ни работы Никонова не упоминают других вариантов с этим корнем, что делает фамилию Маникин уникальной по своему происхождению.