Фамилия Маникина — женская форма, образованная от прозвища Маника. В основе лежит диалектное слово «маника»: так в старину называли деревянную планку, прикрепленную к ручке садовых ножниц. Такая деталь была длинной и тонкой, поэтому прозвище Маника могли дать высокому и худому человеку. Вторая, не менее вероятная версия, связывает прозвище с ремеслом: садовник, работавший с таким инструментом, тоже мог получить это имя.

Фамилия образована по простой и распространенной модели: к основе Маник- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Маникин, то есть сын или потомок Маники). Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для слов мужского рода, оканчивающихся на -а/-я, поэтому фамилии вроде Маникин, Птицын или Кузьмин стоят в одном ряду.

Интересно, что слово «маника» не было повсеместным — оно бытовало в основном в центральных и северных говорах. Значит, географически фамилия Маникины, скорее всего, зародилась в этих регионах, где садовый инструмент называли именно так, а не иначе. В других областях ту же деталь могли именовать по-другому, что делает фамилию локально привязанной.

Прозвище Маника не стоит путать с женским именем Маня или уменьшительным Манечка — корень здесь другой, предметный. Со временем, когда прозвище закрепилось в качестве фамилии, его первоначальный смысл стерся, и для потомков Маникиных оно стало просто родовым именем.