Фамилия Маникеева — женская форма от Маникеев, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -еев указывает на образование от основы, оканчивающейся на -ей (Маникей → Маникеев). Этот суффикс — фонетический вариант более частого -еев (от основ на -ей), что роднит фамилию с такими, как Андреев или Тимофеев, но с менее распространённой корневой частью. Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Маникéева.

Корень Маник- — самый спорный и интересный элемент. Здесь возможны две версии, и обе имеют право на существование.

Первая и наиболее вероятная — связь с тюркским миром. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «маник» или близкие к нему формы могли означать «маленький», «крошка» или служить ласкательным прозвищем для младшего ребёнка. Суффикс -ей в основе (Маникей) — это русская адаптация тюркского имени или прозвища с помощью уменьшительно-ласкательного форманта, как, например, в имени Матвей (от Матфей) или в диалектных прозвищах. Таким образом, предок Маникеевых мог получить прозвище Маникей (маленький, младшенький), которое затем закрепилось как фамилия.

Вторая версия — от канонического христианского имени Мануил (древнееврейское «с нами Бог»). В народной речи имя Мануил часто сокращали и переделывали: Мануйло, Мануха, Маник. Форма Маникей могла возникнуть как просторечный вариант от Маник с добавлением -ей. Эта версия менее вероятна, потому что фамилии от Мануила обычно звучат как Мануйлов или Манихин, а форма Маникеев встречается реже и тяготеет к восточным регионам России, где сильнее тюркское влияние.

Географически фамилия Маникеева редкая и имеет очаговое распространение. Основной ареал — Поволжье (особенно Татарстан, Башкирия, Самарская область) и Зауралье (Челябинская, Курганская области). Это подтверждает тюркскую версию происхождения: фамилия возникла в среде крещёных татар или башкир, либо у русских, долго живших в тесном контакте с тюркскими народами. Встречается она и у мордвы (эрзи и мокши), что тоже не противоречит версии о заимствованном прозвище.

Социальный состав носителей фамилии в XIX веке — в основном государственные крестьяне и мещане. Дворянских родов Маникеевых в «Бархатной книге» или других родословных сборниках нет. Фамилия не имеет отношения к ремеслу или профессии — это чисто прозвищная фамилия, описывавшая человека по его внешней или возрастной характеристике.

Таким образом, Маникеева — фамилия с тюркским корнем, адаптированная через русский уменьшительный суффикс. Её носители — потомки людей, которых в своё время назвали «маленьким» или «младшеньким», и это прозвище передалось через поколения.