Фамилия Маникулова — женская форма, а её мужской вариант — Маникулов. Это довольно редкая фамилия, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, стоит отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ов- (который буквально означает «чей?» — сын Маникула). Остаётся основа «Маникул».

Самая вероятная версия — прозвищное происхождение. В русских говорах и в просторечии слово «маника» или «маник» могло означать нечто маленькое, крошечное, либо относиться к человеку небольшого роста или щуплого телосложения (сравните с диалектным «манька» — маленькая вещь, а также с глаголом «манить» в значении «медлить, тянуть»). Суффикс -ул- в данном случае — уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный, как в словах «капризуля», «грязнуля». Таким образом, «Маникул» — это человек, которого за глаза называли «маленьким», «крохой» или, возможно, «копушей».

Менее вероятна, но допустима версия, связывающая фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках есть корень «ман» (родинка, пятно) или «манык» (особая метка). Однако суффикс -ул- для тюркских фамилий нетипичен, а окончание -ов указывает на обрусение, то есть фамилия формировалась уже на русской почве. Поэтому версия с диалектным прозвищем выглядит убедительнее.

Географически фамилия встречается разрозненно, без явного «гнезда» в одном регионе, что характерно для прозвищ, а не для фамилий от названий сел или ремесел. Предки носителей фамилии Маникуловы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими своё прозвище по внешней или поведенческой особенности — и эта кличка закрепилась за родом.