Фамилия Маникулов — один из тех случаев, когда внешне ясная основа таит в себе неожиданный поворот. На первый взгляд, корень «маник» наводит на мысль о профессии маникюрши, но это ложный след: фамилия сложилась задолго до того, как в русском языке появилось слово «маникюр» (из французского, в XIX веке). Реальный источник — тюркское или кавказское личное имя Маникул, которое, в свою очередь, восходит к арабскому «мани» (препятствие, защита) с уменьшительным суффиксом. В татарской и башкирской среде имя Маникул фиксировалось как мужское, означая что-то вроде «защитничек» или «оберегаемый».

Модель образования типична для русских фамилий, возникших на стыке культур: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей сын?»). Таким образом, Маникулов — это «сын Маникула». Фамилия встречается преимущественно в Поволжье и Приуралье (Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье), что подтверждает её происхождение из среды крещёных татар или башкир, принявших православие и русифицировавших свои имена. В документах XVIII–XIX веков можно найти варианты написания: Маникулов, Манекулов, Маникуллин — последний выдает исходную тюркскую форму с патронимическим суффиксом -ин.

Стоит упомянуть и более редкую гипотезу: в некоторых говорах «маникой» называли человека с маленькими, «детскими» руками (от «маник» — уменьшительное от «малый»). Но эта версия слаба — она не объясняет суффикс -ул, характерный именно для тюркских имен. Поэтому основная, тюркская версия выглядит убедительнее и подкреплена географией бытования. Сословная принадлежность предков могла быть разной: от государственных крестьян до мелких служилых людей, но точных данных об этом нет.