Фамилия Манипов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корень, нужно отбросить суффикс -ов (самый распространённый русский фамильный суффикс, указывающий на принадлежность: «чей?» — Манипов = сын Манипа). Основа остаётся — Манип-. Именно с ней и возникает главная загадка.

В русском языке нет общеупотребительного слова «манип» или имени Манип. Самое вероятное объяснение — фамилия образована от прозвища или варианта личного имени, которое пришло из тюркских языков. В тюркской ономастике встречается мужское имя Манип (иногда в форме Маниф), которое восходит к арабскому корню со значением «запретный», «священный» или «тот, кого оберегают». В прошлом таким именем могли нарекать ребёнка, чтобы защитить его от сглаза или болезней — своеобразный оберег. Если это так, то фамилия Манипов — это русифицированная форма тюркского имени, которая закрепилась в среде крещёных татар, башкир или других народов Поволжья.

Есть и более редкая, бытовая версия. В некоторых северных и сибирских говорах слово «манип» могло быть искажением глагола «манить» или существительного «манок» (приманка). В таком случае прозвище Манип мог получить хитрый, умеющий завлечь человек — охотник, использующий манок, или просто льстец. Однако эта версия слабее: фамилий с корнем «ман-» (Манин, Манаков) много, но именно форма «Манип» для русского прозвища нетипична.

Географически фамилия Манипов встречается разрозненно, но заметный след оставляет в Татарстане, Башкортостане и соседних областях — Оренбургской, Челябинской. Это косвенно подтверждает первую, тюркскую версию. Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить как крестьяне, так и служилые татары, перешедшие на русскую службу.

Если коротко: предки носителя фамилии Манипов, скорее всего, были людьми из тюркской среды, а их родовое имя произошло от личного имени-оберега Манип. Фамилия сохранила редкую основу, которая почти не встречается в других русских фамилиях, что делает её своеобразным маркером смешанных культурных влияний на восточных рубежах России.