Фамилия Мунипов — один из тех случаев, когда внешне прозрачная форма скрывает неочевидную основу. На первый взгляд, перед нами типичная патронимическая модель с суффиксом -ов, указывающая на происхождение от отца: «сын Мунипа». Но что такое «Мунип»? В русском языке такого имени нет, и это сразу подсказывает, что корни фамилии — иноязычные.

Самая вероятная версия связывает фамилию с арабским именем Муниб (منيب), которое означает «обращающийся к Богу», «кающийся», «покорный». В тюркских языках, особенно у башкир и татар, это имя получило распространение в форме Мунип. Звук «б» на конце в русском произношении мог оглушиться до «п», что и закрепилось в фамилии. Таким образом, Мунипов — это русифицированная форма тюркского отчества: «сын Мунипа». Фамилия характерна для татарской и башкирской среды, где активно использовался русский суффикс -ов при оформлении фамилий по указу 1828 года.

Менее распространённое, но возможное объяснение — связь с диалектным словом «мунить» (обманывать, хитрить), которое встречается в некоторых русских говорах. В таком случае фамилия могла возникнуть как прозвище Мунип — «хитрец», «плут». Однако эта версия слабее: во-первых, прозвищная модель с суффиксом -ип нетипична для русской антропонимии, а во-вторых, арабское имя даёт гораздо более стройное и массовое объяснение. В пользу тюркской версии говорит и география: Муниповы чаще всего встречаются среди башкир и татар, особенно в Башкортостане и Оренбургской области.

В написании фамилии нет вариантов — она последовательно фиксируется с буквой «о» в окончании, что типично для фамилий, образованных от имён на твёрдый согласный. По сословной принадлежности предки Муниповых в большинстве были государственными или ясачными крестьянами, реже — торговцами, поскольку фамилия не дворянская и не духовная.