Фамилия Манибай — редкая, загадочная и не вписывается в типичные модели русских фамилий. В ней нет ни суффикса -ов/-ев, ни -ин, ни -ский, что сразу выдает её нерусское, скорее всего, тюркское или кавказское происхождение. Чтобы понять её значение, нужно разобрать имя или прозвище, которое легло в основу.

Скорее всего, фамилия происходит от мужского личного имени Манибай. В тюркских языках (особенно в казахском, башкирском, татарском) «бай» — это «богач», «господин», «хозяин». Первая часть «мани» может восходить к арабскому слову «мани’» (مانع) — «препятствующий», «защищающий», «неприступный». Таким образом, имя Манибай могло означать «богатый защитник» или «тот, кто обладает несокрушимым богатством». Встречается версия, что «мани» — это искажённое «мамай» (от Мамай — историческое имя, ставшее нарицательным), но это менее вероятно: фамилия Мамаев существует отдельно и имеет другую модель.

Другая, менее распространённая гипотеза, связывает фамилию с кавказским регионом. В чеченском и ингушском языках есть основа «мани» — «видимость», «явление», а «бай» иногда используется как компонент имён (например, Бауддин). Однако в таком случае фамилия, скорее всего, писалась бы через дефис или имела другой суффикс, поэтому тюркская версия выглядит предпочтительнее.

Географически фамилия Манибай встречается среди народов Поволжья и Приуралья (татары, башкиры), а также у казахов. В русском контексте она могла закрепиться как фамилия без изменений: в XIX веке при переписях многие нерусские имена записывали так, как слышали, без добавления типичных русских суффиксов. Такая «голая» форма — признак того, что фамилию фиксировали у человека, который сам себя называл по отцу или роду, а не по месту жительства.

Сословно носители фамилии Манибай, вероятно, относились к крестьянам или казакам, но не к дворянству — русские дворянские роды с таким окончанием не образовывались. Встречаются единичные упоминания фамилии в метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний начала XX века, что подтверждает её восточное происхождение. Сегодня фамилия остаётся редкой, и её носители могут проследить корни до конкретного предка по имени Манибай, жившего в степи или ауле.