Фамилия Маниина — женская форма, мужской вариант — Мании́н. В основе лежит имя или прозвище, и здесь есть два равноправных пути, между которыми выбирает этимология.

Первый и самый вероятный: от имени Мания. Это не церковное, а народное, разговорное сокращение от канонических имён Мануил (библейское, означает «с нами Бог») или Максим (от латинского «величайший»). В русских говорах имя Маний, Мания бытовало как самостоятельное, а уменьшительные формы вроде Маня, Манька дали множество фамилий — Манин, Маничкин, Маньков. Если предка звали Маний, то его сын становился Манииным, а дочь или жена — Манииной.

Второй, менее распространённый вариант: от прозвища Мания. В диалектах слово «манить» означало «обманывать, вводить в заблуждение», а «мания» — «обманщик, плут». Однако это значение носило скорее бытовой, незлой оттенок — так могли прозвать хитрого или изворотливого человека. В пользу этой версии говорит то, что фамилии от прозвищ с корнем «ман-» (Маня, Манила, Манилов) встречаются в старых писцовых книгах, например, у Веселовского есть упоминания крестьян Маниловых в XV веке.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маниина — «дочь или жена Мании». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены. Географически фамилия редкая, встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её происхождение от личного имени: в этих регионах часто давали имена по святцам, но в народной, сокращённой форме.

Сословного барьера у фамилии нет — её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство. Если предок был священником, имя Маний могло быть монашеским или мирским, но это скорее исключение. В любом случае, Маниины — не потомки древнего рода, а люди, чей предок носил простое русское имя или прозвище, которое закрепилось за его детьми.