Фамилия Манистин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить случайные совпадения, наиболее вероятная основа — диалектное или профессиональное прозвище, связанное с глаголом «манить» (звать, привлекать, обманывать). В русских говорах «манистый» означало «заманчивый, обольстительный», а «манила» — обманщик, тот, кто завлекает пустыми обещаниями. Фамилию Манистин мог получить либо человек с внешностью или характером, притягивающим внимание, либо, наоборот, хитрец и льстец. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Манисты.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с финно-угорскими языками. В карельском и вепсском «mani» — ягода морошка, а «-istin» могло быть адаптированным окончанием. Однако для фамилии на -ин такая основа маловероятна: прибалтийско-финские фамилии в русской среде обычно получали суффикс -ов/-ев или оставались без изменений. Примеров Манистиных у карелов нет, а вот в центральных русских областях, особенно в бывших Владимирской и Костромской губерниях, прозвища от «манить» встречались.

Примечательно, что фамилия сохранила редкую форму с ударением на второй слог (Мани́стин), а не на первый, как можно было бы ожидать от имени Маниста. Это говорит о том, что в основе лежало не имя, а именно прозвище с суффиксом -ист-, который придавал слову оттенок свойства или склонности (сравните «хвастливый» → «хвастунистый»). В документах XVII–XVIII веков фамилия не зафиксирована, что подтверждает её позднее оформление — скорее всего, в среде крестьян или мещан не раньше середины XIX века. Сословная принадлежность предков остаётся невыясненной: ни дворянских родов Манистиных, ни купеческих династий в открытых источниках нет.