Фамилия Манистина отталкивается от прозвища Маниста, которое, в свою очередь, восходит к слову «монисто» — женскому украшению в виде ожерелья из бус, монет или камней. Написание через «а» в корне (Маниста вместо Мониста) — следствие «аканья», характерного для многих русских говоров, где безударное «о» произносится как «а».

Исходя из этого, прозвище Маниста могло закрепиться за двумя типами людей. Первый — мастер, изготавливавший такие украшения. Искусство низания из бисера и стекляруса было широко распространено в народном костюме, и умелец, создававший монисто, получал прозвище по своему ремеслу. Второй вариант — девушка или женщина, любившая носить яркие ожерелья, за что её могли прозвать Манистой.

Словообразовательная модель проста: к основе прозвища Маниста добавился суффикс принадлежности -ин, образующий фамилии от слов женского рода или прозвищ на -а/-я. В результате Манистина буквально означает «дочь (или жена) Манисты». Окончание -а указывает на женскую форму фамилии; мужской вариант — Манистин.

Фамилия редкая: в отличие от массовых «ремесленных» фамилий вроде Кузнецов или Плотников, прозвище, связанное с украшениями, встречалось реже. Скорее всего, фамилия бытовала локально, в регионах, где монисто было обязательным элементом женского костюма, — например, в южнорусских и центральных губерниях.