Фамилия Малистина — редкий случай, когда суффикс указывает на происхождение точнее, чем корень. Окончание -ин выдаёт в ней классическую русскую «фамилию-притяжательность»: такую давали по имени или прозвищу отца или матери, отвечая на вопрос «чей?». Значит, в основе лежит слово, от которого образовано Малиста — прозвище или неканоническое имя родоначальника.

Корень «малист-» напрямую связан с прилагательным «малистый» или глаголом «малиться». В северных и сибирских говорах «малиться» означало «умаляться, становиться меньше, съёживаться»; отсюда «малистый» — мелкий, низкорослый, щуплый. Человек небольшого роста или скромного телосложения мог получить прозвище Малиста. Вторая, менее очевидная версия — связь с диалектным «малить» в значении «красить, мазать» (от общеславянского *malъ — «маленький» здесь не при чём, это другая ветвь). Но для прозвища первое объяснение естественнее: внешность или характер бросались в глаза чаще, чем род занятий красильщика.

Суффикс -а в прозвище Малиста типичен для кратких форм, которые в русской ономастике часто становились основой фамилии без дополнительных изменений: просто добавили -ин. Важно, что фамилия оканчивается на -ина, а не на -ов. В XIX веке такие фамилии чаще фиксировались в среде крестьян и мещан северных губерний (Архангельской, Вологодской, Олонецкой), где была сильна традиция «материнских» фамилий на -ин. В южных и центральных регионах предпочли бы форму Малистов.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого упоминания Малистиной нет — это редкая, локальная фамилия. Её однокоренные аналоги — Малин, Малинов, Малистый — встречаются чаще, но именно форма на -ина сохранила архаичную диалектную основу. Исторически предки носителя фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди из северорусских земель, получившие прозвище за невысокий рост или, реже, за привычку «умаляться» в спорах.