Фамилия Маниусов — довольно редкая и звучит необычно для русского уха. Её основа, скорее всего, не славянская, а латинская или греческая, что указывает на книжное, искусственное происхождение. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от мирских имён или прозвищ (Кузнецов, Смирнов), Маниусов могла появиться в среде духовенства.

Самый прямой путь к разгадке — латинское слово «manus», что значит «рука». В семинарской среде было принято давать будущим священникам «говорящие» фамилии, переведённые на латынь или греческий. Так, фамилия Маниусов могла быть образована от основы «Мануил» или напрямую от латинского «Manus» с добавлением типичного русского суффикса -ов. В таком случае предок носителя фамилии мог получить её за какой-то характерный жест, за мастерство рук, или же это была фамилия, данная ученику семинарии по аналогии с «рукой» — как символом труда или благословения.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от редкого календарного имени Мануил (библейское Эммануил). В народном произношении имя могло трансформироваться в Мануйло, а от него по модели «Мануйлов» появился и «Маниусов». Однако форма «Маниус» скорее тяготеет к латинизированному варианту, что снова возвращает нас к семинарской среде.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Маниусов, то есть сын (или потомок) человека по прозвищу или имени Маниус. Географию фамилии проследить сложно из-за её редкости, но она могла встречаться в центральных губерниях России, где были сильны духовные училища. Никакой связи с дворянскими родами или известными историческими личностями не прослеживается — это фамилия, скорее всего, разночинская или церковная.