Фамилия Маноченко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках была показателем «детскости» или принадлежности к роду: буквально «маленький Маной» или «потомок Маноя». Основа здесь — сокращённая форма крестильного имени Мануил (от древнееврейского Иммануэль — «с нами Бог»). В русской и украинской традиции это имя давали в честь святого Мануила, но в быту оно дробилось на десятки уменьшительных вариантов: Мануйла, Мануша, Маня, Манько, Маной. Форма Мано, от которой пошло Маноченко, встречается в украинских говорах как ласкательное или пренебрежительное обращение к человеку по имени Мануил.

Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике, он закрепился как фамильный в центральных и левобережных областях Украины. Поэтому географически фамилия Маноченко чаще всего встречается в Полтавской, Черкасской, Киевской и Сумской областях, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в Поволжье. В России фамилия редкая, но встречается в южных регионах, куда шла миграция малороссов в XIX веке.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу Мано- с диалектным украинским словом «манити» — манить, обманывать. В таком случае прозвище Мано мог получить хитрый или льстивый человек. Однако эта гипотеза слабее, так как для украинских фамилий на -енко характерна именно антропонимическая основа — от имени или прозвища, а не от глагольного корня напрямую. К тому же имя Мануил было достаточно распространено, чтобы породить множество производных.

С социальной точки зрения фамилия Маноченко не указывает на дворянское происхождение: носителями были в основном крестьяне и казаки. В реестрах Запорожского войска встречаются казаки с похожими фамилиями (Манойло, Мануйленко), что подтверждает бытование этой модели в казачьей среде. Таким образом, предки современного Маноченко — скорее всего, выходцы из украинского села, чей родоначальник носил уменьшительное имя Мано.