Фамилия Маношкина образована от просторечной, «домашней» формы крестильного имени Мануил. Имя Мануил пришло на Русь вместе с христианством и в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». В народе его часто переиначивали на свой лад, сокращая и добавляя привычные суффиксы — так и появилось имя Маношка. От него с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин и образовалась фамилия: Маношкин, то есть «сын Маношки» или «человек из рода Маношки».

Форма Маношкина — это женский вариант фамилии, который в русской традиции закрепился за женщинами как наследуемый от отца или мужа. Однако здесь есть одна особенность, на которой стоит остановиться подробнее. Фамилии напрямую от женских имён образовывались редко: чаще всего такое происходило, если ребёнок рос без отца и его записывали по матери. В случае с Маношкиной основа всё-таки мужская (Маношка — уменьшительное от Мануил), но сама фамилия стоит в женской форме. Это значит, что современная носительница фамилии — потомок человека по имени Маношка, а не какой-то женщины с таким именем.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность, а основа Маношк- — это народная версия канонического имени. Такие фамилии типичны для центральной России и северных областей, где было принято называть детей просторечными формами церковных имён. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли образовываться от прозвищ или названий профессий, фамилии на -ин почти всегда восходят к личным именам, оканчивающимся на -а или -я (Маношка, Мишка, Васька). Это один из самых древних и распространённых типов русских фамилий.

В современных справочниках и базах данных фамилия Маношкина встречается нечасто, что говорит о её относительной редкости. Основная масса носителей сосредоточена в Поволжье и некоторых областях Центральной России, но точная география требует отдельного исследования. В любом случае, этимология фамилии ясна: она напрямую отсылает к имени Мануил, которое, в свою очередь, имеет библейские корни.