Основой фамилии Маношкин послужило мирское имя Маношка. Фамилия Маношкин образована от крестильного имени Мануил (в переводе с древнееврейского – «с нами Бог»). В основу фамилии легла просторечная форма этого имени –Маношка. Однако фамилии от женских имен образовывались гораздо реже: чаще всего, фамилия по матери давалась тому, у кого не было отца. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Маношка, со временем получил фамилию Маношкин.