Фамилия Малошкин образована от личного имени или прозвища Малошка. Чаще всего в основе лежит прилагательное «малый»: так в семье могли назвать младшего ребёнка, родившегося следом за старшими, или просто невысокого человека. В народной среде такие «домашние» имена давали без особого выбора — Малыш, Малошка, и они закреплялись в обиходе.

Есть и другая версия: Малошка — это уменьшительная форма от канонического имени Малахий. В переводе с древнееврейского оно означает «посланник Божий». Имя было известно на Руси через церковный календарь, но в быту его часто переделывали на свой лад, сокращая до Малошки. Какая из двух гипотез вернее — сказать трудно, но обе правдоподобны: фамилия могла возникнуть и из прозвища по росту, и из разговорной формы крестильного имени.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Малошкин — «сын Малошки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я. Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных областях России, но точная география расселения носителей не изучена. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что нередко для фамилий, возникших в крестьянской или мещанской среде.