Фамилия Маношкин, как и многие русские фамилии, начинается с разбора её основы. В центре — имя или прозвище Маношка. Чаще всего его возводят к крестильному имени Мануил (от древнееврейского «с нами Бог»). Просторечная форма Маношка — результат народной переделки: язык упростил неудобное сочетание звуков, и имя зазвучало по-русски. Именно от этой формы и пошла фамилия.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маношкин буквально значит «сын Маношки» или «из семьи Маношки». Такая модель типична для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Интересно, что женская форма имени — Маношка — могла стать основой фамилии в особых случаях. Фамилии от женских имён давали реже, обычно когда ребёнок рос без отца и его записывали по матери. Так что предок Маношкиных мог быть как мужчиной с именем Маношка, так и сыном женщины, которую в округе звали Маношкой.

Точное место возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования фамилий шёл несколько столетий и охватывал разные регионы. Однако можно предположить, что фамилия бытовала в центральных и северных губерниях России, где имя Мануил встречалось чаще. Встречаются и варианты написания — Маношкин и Маношкины, в зависимости от числа носителей и контекста. Несмотря на кажущуюся простоту, эта фамилия — живой след того, как церковное имя превращалось в домашнее прозвище, а затем закреплялось в роду на века.