Фамилия Маноцков — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Она образована по стандартной русской модели: к основе Маноцк- добавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Маноцка). Ключевой вопрос — что стоит за основой.

Вероятнее всего, Маноцков — это вариант фамилии Мануцков или Манацков, где произошло изменение гласной под влиянием акающего произношения или народной этимологии. В основе лежит уменьшительная форма от крестильного имени Мануил (от древнееврейского Эммануил — «с нами Бог»). Имя Мануил было распространено в южнорусских и украинских землях, особенно в среде духовенства и казачества. Форма Маноцко (или Маноцок) — типичное украинское или белорусское уменьшительное образование, наподобие Степан — Степанько, Иван — Иванько. Суффикс -ц- здесь указывает на ласкательное или фамильярное прозвище.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища Манок, которое могло относиться к охотнику, использовавшему манок (дудочку для подманивания птиц). В этом случае Маноцков — это «сын Маноцка», а Маноцко — вторичная уменьшительная форма от Мано́к. Такие прозвища давали людям, чья профессия или привычка была связана с охотой, либо тем, кто говорил высоким, «писклявым» голосом.

Географически фамилия Маноцков встречается крайне редко, преимущественно в южных регионах России (Краснодарский край, Ростовская область) и в восточных областях Украины. Это подтверждает версию о южнорусских или украинских корнях. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не попадается, что говорит о её позднем закреплении (вероятно, в XIX веке) и малой распространённости.

Словообразовательный разбор показывает, что суффикс -к- в основе (Маноц-к-ов) — это не уменьшительный, а скорее прозвищный, характерный для украинской антропонимии. Фамилии на -ков с основой на -цк- (как Маноцков) нередко возникали на стыке двух языковых традиций: русской патронимической модели и украинской уменьшительной основы.