Фамилия Маншилин образована от имени или прозвища Маншила. Скорее всего, это одна из разговорных форм крестильного имени Мануил. В переводе с древнееврейского оно означает «с нами Бог» — это имя носил один из библейских пророков. В русской народной среде имя Мануил часто переделывали на свой лад, укорачивали и добавляли суффиксы, так и появилась форма Маншила. По этой модели возникло множество фамилий, например Мануйлов, Манухин, Маншин.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Маншилин буквально означает «сын Маншилы» или «человек из семьи Маншилы». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов.

Есть и другая, менее вероятная версия: что Маншила — производное от женского имени Мария («любимая, желанная»). В этом случае фамилия могла возникнуть как отчество по матери, что изредка встречалось в русских семьях, но для фамилии Маншилин это скорее исключение, чем правило.

Сама фамилия редкая. Встречается в основном в Поволжье и на Урале, где в XVIII–XIX веках оседали переселенцы из центральных губерний. По сословной принадлежности предки Маншилиных, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами — фамилии на -ин у дворян встречаются несравнимо реже.