Фамилия Манущенков образована по такой же модели, что и тысячи других русских фамилий, но с редким суффиксом, который сразу выдает её происхождение. В основе лежит имя Манущенко — украинская или южнорусская форма от канонического имени Мануил (в просторечии — Мануйла). Имя это древнееврейского происхождения и означает «с нами Бог». В русских говорах имя Мануйла давало множество производных: Мануха, Мануша, Мануня, а Манущенко — это уменьшительно-ласкательная форма, характерная для украинской ономастики.

Ключевая особенность фамилии — двойной суффикс. Сначала украинский патронимический суффикс -енко (Манущенко — «сын Манущи»), а затем, при переносе фамилии в великорусскую среду, к ней добавили русский суффикс -ов. Так появился Манущенков. Это типичный случай «обрусения» украинской фамилии: переселенец с Украины или из южных губерний России получал прозвище Манущенко, а его дети уже записывались как Манущенковы. Географически фамилия тяготеет к Курской, Белгородской, Воронежской областям и к бывшим слобожанским землям.

Сам корень — имя Мануил — был очень популярен в купеческой и мещанской среде, но нередко встречался и у крестьян. В святцах это имя носил византийский император, а в народной традиции оно прочно ассоциировалось с библейским персонажем. В отличие от фамилий на чистое -енко (Манущенко), форма на -ов указывает, что носители уже к XVIII–XIX векам жили в великорусских губерниях и воспринимались как русские. Фамилия не принадлежала дворянству — в родословных книгах она не встречается, а её носители были преимущественно крестьянами или однодворцами.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Манущенков стоит в одном ряду с Мануйловым, Манухиным, Манушиным. Но именно суффикс -енков выдает южное происхождение предка: он пришёл оттуда, где говорили «Манущенко», а уже на новом месте фамилию подстроили под местный говор.