Вероятно, Мануша — производная форма имени Иммануил, которое в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». Очевидно, основатель рода Манушиных был человеком из простого сословия. Согласно другой версии, в основе фамилии Манушенков лежит прозвище Мануша, которое образовано от слова «манить» - «звать лестью, посулами», «дразнить, обманывать», «ждать, дожидаться», «мешкать, медлить». Так, основатель рода Манушиных мог быть охотником, подманивающим зверя. Со временем, вероятно, род Манушенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мануша, со временем получил фамилию Манушенков.