Фамилия Манушенков — одна из тех, где вопрос упирается в основу: что скрывается за именем Мануша? Имя это некалендарное, редкое, и его происхождение открывает сразу два пути.

Первый и самый вероятный — Мануша как уменьшительная форма от библейского имени Иммануил. В переводе с древнееврейского оно означает «с нами Бог». Имя было распространено в церковной среде, но в быту его сокращали до более простых форм — Мануша, Маня, Имма. Если фамилия пошла от этой основы, то предок Манушенковых носил крестильное имя, пусть и в домашнем варианте, а значит, был человеком из простого сословия, где полные имена использовали реже.

Вторая версия — прозвищная. Слово «манить» в русских говорах многозначно: звать, посуливая; дразнить, обманывать; а также мешкать, медлить. Прозвище Мануша могли дать охотнику, который умело подманивал зверя, или человеку с хитрецой, который «манил» обещаниями. Такая версия объясняет фамилию не через имя, а через занятие или характер — и это не менее правдоподобно.

Сама словообразовательная модель Манушенков необычна. Суффикс -енк- указывает на украинское или белорусское происхождение основы: форма Манушенко — типичный украинский патроним, означающий «маленький Мануша» или «сын Мануши». Когда носитель такой фамилии оказывался в великорусской среде, фамилию русифицировали, добавив суффикс -ов. Так Манушенко превратился в Манушенкова — по той же логике, по которой Коваленко становился Коваленковым.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где форма на -енко была нормой. Следов массового бытования фамилии в старых документах немного, что подтверждает её недворянское, крестьянское или казачье происхождение. Среди однокоренных — Манушин, Манушкин, Манушенко. Все они сходятся к одному корню, но различаются суффиксами, которые указывают на регион и время образования.