Фамилия Манушенкова — женская форма фамилии Манушенков, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Мануша. В основе лежит, скорее всего, не одно, а два разных корня, и история рода могла пойти по одному из двух путей.

Первая версия ведёт к библейскому имени Иммануил. В переводе с древнееврейского оно означает «с нами Бог». Мануша — это просторечная, уменьшительная форма этого имени, характерная для простонародной среды. Если следовать этой версии, основатель рода был человеком из простого сословия, которого в быту звали ласково — Мануша, а его дети стали Манушиными или Манушенковыми.

Вторая версия — бытовая и прозвищная. Слово «манить» в русских говорах имело несколько значений: «звать лестью или посулами», «дразнить, обманывать», а также «мешкать, медлить» и даже «ждать». Прозвище Мануша мог получить человек с соответствующим характером — неторопливый, вкрадчивый или тот, кто умел завлекать. Но есть и более конкретная версия: так могли прозвать охотника, который мастерски подманивал зверя. В этом случае фамилия указывает на ремесло или промысел предка.

Особого внимания заслуживает суффикс -енков. Это типичный восточноукраинский или южнорусский патронимический суффикс (как в фамилиях Денисенков, Иващенков). Он означает «сын Мануши» или «потомок Мануши». Фамилии на -енков часто встречаются на границе России и Украины, в Курской, Белгородской, Воронежской областях. Вероятно, род Манушенко (первоначальная форма без суффикса -ов) откуда-то из этих краёв, а при переезде в центральную Россию фамилию русифицировали, добавив типичный русский суффикс -ов. Так из Манушенко получился Манушенков, а для женщин — Манушенкова.

Таким образом, фамилия Манушенкова — это указание на потомка человека по имени или прозвищу Мануша, с явной региональной привязкой к южнорусским или украинским землям.