Фамилия Мануйов образована от имени Мануй — народной, усечённой формы библейского имени Иммануил. В переводе с древнееврейского оно означает «с нами Бог». В русской ономастике такие сокращения были обычным делом: длинные имена в быту резали, отбрасывая начало или конец, и получали Мануй, Мануйло, Мануил. От этой основы с помощью стандартного патронимического суффикса -ов и возникла фамилия, то есть буквально «сын Мануя».

Стоит обратить внимание на написание: Мануйов, а не привычное Мануйлов. Это не опечатка, а довольно редкий вариант, который мог закрепиться из-за местных говоров или особенностей записи в документах. В русской традиции фамилии на -ов обычно образуются от имён, оканчивающихся на твёрдый согласный, а здесь основа «Мануй» даёт суффикс -ов напрямую, минуя промежуточное -л-. Такая модель встречается реже и указывает на то, что фамилия могла сформироваться в среде, где имя Мануй бытовало самостоятельно, без дополнительного «-ло» (сравните: Мануйло → Мануйлов).

Географически фамилия чаще всего встречается на юге России и в украинских землях, где имя Мануй было особенно распространено. Носители фамилии в прошлом могли быть как крестьянами, так и казаками: имя Мануй (Мануйло) встречается в реестрах запорожского казачества XVII века. Сословного барьера у фамилии нет — её носили и священники (поскольку имя библейское), и простые люди.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Мануйов — типичный пример того, как церковное имя через народную переделку превращается в родовое прозвание. Если сравнивать с однокоренными, то Мануйлов встречается гораздо чаще, и именно он считается «нормативным» вариантом. Мануйов же — более локальная, возможно диалектная или канцелярская форма, которая сохранилась в отдельных семьях.