Фамилия Мануйко — украинская, и её происхождение напрямую связано с прозвищем, которое носил родоначальник. В Малороссии слово «мануйко» бытовало как ласковое обращение к ребёнку, почти как современное «кроха» или «дитятко». Поэтому в основе фамилии чаще всего лежит домашнее, тёплое прозвище младшего члена семьи — того, кого любили и оберегали.

Но это не единственная версия. Украинский глагол «манути» означает «манить, прельщать, завлекать». Отсюда прозвище Мануйко могли дать человеку с характером — льстецу или тому, кто умел обвести вокруг пальца. Такая двойственность типична для народной ономастики: одно и то же слово могло закрепиться и за малышом, и за хитрецом, в зависимости от того, какая черта бросалась в глаза.

С точки зрения словообразования фамилия Мануйко образована с помощью типичного украинского суффикса -к(о), который придаёт прозвищу ласкательный или уменьшительный оттенок. В белорусской и украинской традициях такие формы (на -ко, -енко) часто становились основой для фамилий, обозначая либо сына, либо человека, носившего соответствующее прозвище. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, эта модель не указывает на принадлежность отцу напрямую, а скорее фиксирует само прозвище как родовое имя.

Географически фамилия Мануйко распространена в основном на территории исторической Малороссии — современных центральных и восточных областей Украины. Встречается она и в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне и казаки. Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и казаки, и мещане, и крестьяне, поскольку прозвище не отсылало ни к ремеслу, ни к социальному статусу, а к личным качествам или возрасту.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Мануйко стоит в одном ряду с Мануйленко, Мануйловым и Мануйловым. Первые две — украинские по модели, последняя — русская, образованная от полной формы имени Мануил (церковная форма имени Эммануил). Однако в случае с Мануйко прямая связь с крестильным именем менее вероятна: суффикс -к(о) в украинских фамилиях чаще присоединялся к прозвищам, а не к полным каноническим именам. Так что основная версия — прозвищная, а не именинная.