Фамилия Манюгин — одна из тех, что образована от уменьшительного имени, но с неочевидной на первый взгляд основой. В её центре лежит имя Манюга, которое в свою очередь является производной формой от канонического имени Емельян (в просторечии — Еман, Маня). Однако есть и другая версия, не менее правдоподобная: Манюгой в быту могли называть человека по имени Максим (через цепочку Максим → Макс → Маня → Манюга). Оба варианта укладываются в типичную для русских фамилий модель: прозвище на -юга (Манюга) плюс притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — то есть «сын Манюги» или «человек из семьи Манюгиных».

Словообразовательный тип здесь интересен тем, что суффикс -юга в русских прозвищах встречается реже, чем стандартные -к- или -ш-. Он придавал имени оттенок фамильярности или даже некоторой грубоватости, но не уничижительности. Такие формы были распространены в северных и центральных говорах, где любили «растягивать» имена: Манюга, Ванюга, Петюга. Соответственно, географически фамилия Манюгин чаще всего встречается в старообрядческих регионах — в Архангельской, Вологодской областях, а также в Поволжье, куда переселенцы с Русского Севера уходили в XVII–XVIII веках.

Менее убедительная, но всё же возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «манюга» — так в некоторых говорах называли медлительного, вялого человека или, наоборот, того, кто «манил», обманывал. Однако эта гипотеза слабее: прозвища от имён собственных в русской ономастике встречаются в разы чаще, чем от нарицательных, а суффикс -юга для таких прозвищ — стандартный. К тому же фамилии вроде Манюгин не имеют параллелей с очевидными «манительными» корнями (сравните с Маниловым, где основа прозрачна).

В социальном плане Манюгины — почти наверняка крестьянский род. Фамилии на -ин в массе своей закрепились за непривилегированными сословиями в XV–XVII веках, когда пошла практика передавать по наследству отчество. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что косвенно подтверждает её «земной» характер. Если ваш предок носил фамилию Манюгин, он, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком, а его отца или деда звали в обиходе Манюгой — сокращённо от Емельяна или Максима.