Фамилия Манюгина — женская форма фамилии Манюгин, которая образована от прозвища или нецерковного имени Манюга. В русской ономастике суффикс -ин (-ын) указывает на принадлежность: Манюгин буквально значит «сын Манюги» или «человек из рода Манюги». Это типичная модель для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей, где основой часто служило бытовое имя.

Корень «Ман-» восходит к каноническому имени Мануил (от древнееврейского Иммануил — «с нами Бог»). В народной речи полные церковные формы сокращали и адаптировали: так появились Маня, Манюта, Манюха, а также Манюга. Суффикс -юг- в данном случае придает прозвищу оттенок просторечия или даже некоторой фамильярности, характерной для северных и сибирских говоров. В некоторых диалектах «манюга» могло означать и медлительного, нерасторопного человека, но эта версия менее вероятна: прозвища от уменьшительных форм крестильных имен встречаются гораздо чаще.

Фамилия Манюгин преимущественно встречается в центральных областях России и в Поволжье, что подтверждается данными из списков населенных мест XIX века. Например, в Симбирской губернии фиксировались крестьяне с этой фамилией. В архивных записях можно найти варианты написания: Манюгин и Манюгина (для женщин), а также редкое Манюгинъ с твердым знаком на конце в дореволюционных документах.

Стоит обратить внимание на однокоренные фамилии: Манюков, Манюшин, Манюхин. Все они образованы от производных того же имени Мануил, но с разными суффиксами. Это позволяет понять, что Манюгин — не изолированная форма, а часть целого гнезда родственных прозвищ, разошедшихся по разным ветвям одного рода.