Фамилия Манагина — женская форма фамилии Манагин, а её основа связана с прозвищем или неканоническим именем Манага. В русском языке суффикс -ин указывает на принадлежность: Манагин буквально означал «сын Манаги» или «человек из семьи Манаги». Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Что скрывается за словом «Манага»? Самая вероятная версия — диалектное или профессиональное прозвище. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «манага» могло означать «вялый, медлительный человек» или «нерасторопный работник». Слово родственно глаголу «манежить» — мучить, тянуть время, канителить. В таком случае фамилия Манагин — это прозвище, данное человеку с неторопливым характером.

Есть и другая гипотеза: связь с тюркскими языками. В татарском и башкирском «мана» имеет значение «смысл, значение», а «манага» могло быть уменьшительной формой имени со значением «смысловой, осмысленный». Учитывая, что в Поволжье и на Урале русские фамилии нередко вбирали в себя тюркские корни, эта версия не лишена правдоподобия, хотя менее распространена.

Фамилия Манагин (и Манагина) встречается редко. В дореволюционных переписях она фиксируется в основном в Вятской и Пермской губерниях — на стыке русских и финно-угорских земель. Это не случайно: прозвища на -ага характерны для северорусской диалектной зоны. Встречаются также однокоренные фамилии Манаков, Манаев, Манакин — все они восходят к разным формам одного корня, но Манагин выделяется именно суффиксом -ин, который чётко указывает на отчество, а не на притяжательность от прозвища на -ов.

Сословного барьера у фамилии не было: Манагины могли быть и крестьянами, и мещанами, но в дворянские родословные книги эта фамилия не попала. В современных телефонных справочниках и базах данных Манагины встречаются единично — в основном в Кировской области и Пермском крае, что подтверждает историческую географию.