Фамилия Маначина — типичный пример русской фамилии, образованной от женского имени. В её основе лежит имя Мана, которое в русской традиции могло быть уменьшительной формой от нескольких крестильных имён: Манефа, Мануил или Мария. В пользу последнего говорит простота и распространённость: Мана — одна из множества сокращённых форм имени Мария, наряду с Маней, Марусей, Маняшей.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Маначина — буквально «дочь Маны» или «жена Маны». Такие «матронимические» фамилии (от имени матери) встречаются реже, чем «патронимические» (от имени отца), но в русском ономастиконе их немало. Обычно они возникали в семьях, где женщина играла ключевую роль, либо если отец по каким-то причинам не был известен или не мог передать фамилию.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла произойти от прозвища Манач. В некоторых говорах «манать» означало «манить, обманывать», а «мана» — «обман, приманка». Тогда Маначина — потомок человека с таким прозвищем. Однако эта гипотеза слабее: прозвищная основа с суффиксом -ач в русских фамилиях встречается редко, и для Маначина мы видим типичный притяжательный суффикс -ин, а не патронимический -ов/-ев, что характерно именно для имён на -а.

Фамилия редкая. Встречается в основном на юге России и в Поволжье, но точной географической привязки нет. Носителей немного, и в дореволюционных списках она почти не фиксируется. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть поздно, в среде крестьян или мещан, и не попала в ранние переписи.