Фамилия Магагина — женская форма фамилии Магагин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, которое легло в основу. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Магагин — «сын Магаги» или «человек из рода Магаги». Сама основа Магаг- встречается редко, и это сразу наводит на мысль о диалектном или искажённом варианте.

Скорее всего, корень восходит к тюркским языкам. В тюркских наречиях слово «мага» или «магай» могло означать «сильный», «могучий», а также быть личным именем (например, у башкир и татар встречается имя Магай). Суффикс -гин в русской адаптации мог добавиться по аналогии с фамилиями на -гин (типа Рогагин, Кулагин). Таким образом, Магагин — это русифицированная форма тюркского прозвища, которое дали человеку за физическую силу или властный нрав. Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным русским словом «мага» (мешок, котомка), но тогда фамилия звучала бы как Магакин или Маганов, а не Магагин.

Географически фамилия Магагина встречается в основном в Поволжье и на Урале — регионах, где веками соседствовали русские и тюркские народы. В метрических книгах XIX века можно найти записи о крестьянах и мещанах с этой фамилией в Симбирской и Казанской губерниях. Дворянских родов Магагиных не зафиксировано, что указывает на простонародное происхождение: предки, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию по прозвищу главы семьи.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Магаев, Маганов — подтверждает тюркский след: они тоже образованы от имени Магай, но с разными русскими суффиксами. Суффикс -ин у Магагина говорит о том, что основа воспринималась как имя на -а (Магага), что типично для северных и восточных русских говоров, где любили уменьшительно-ласкательные формы. В итоге фамилия Магагина несёт отпечаток межэтнического контакта и местного говора, а её носители — потомки людей, которых когда-то прозвали за силу или стать.