Фамилия Магогина — женская форма фамилии Магогин, а та в свою очередь образована от прозвища или нецерковного имени Магога. Самая вероятная версия связывает основу с диалектным словом «магога» — так в некоторых русских говорах называли неловкого, неуклюжего или простоватого человека. Прозвище могло закрепиться за первым носителем из-за манеры поведения, походки или даже внешнего сходства с кем-то из окружения.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Магогин буквально означает «сын Магоги» или «из семьи Магоги». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин активно вытесняли более южные формы на -ов. Если взглянуть на географию бытования, фамилия Магогины встречается в документах по Вологодской, Архангельской и Кировской областям — это как раз зона расселения, где диалектная лексика сохранялась дольше и где прозвищные фамилии были особенно распространены.

Менее вероятна, но не исключена связь с библейским именем Гог и Магог — в народной традиции эти имена иногда переосмыслялись как личные прозвища для людей с заметным ростом или грозным видом. Однако для фамилии Магогина такая версия слабее: в русских говорах слово «магога» в значении «увалень» фиксируется устойчиво, а прямых следов книжного влияния на эту фамилию нет.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к украинским или южнорусским «магог» — там это слово означало «кувшин» или «тыква», но суффикс -ин не характерен для тех регионов, так что версия с посудой маловероятна. По сословной принадлежности Магогины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми: дворянские роды с такой фамилией не фиксируются.

В современной России фамилия редкая, встречается точечно, что только подтверждает её происхождение от локального прозвища, а не от массовой модели.