Фамилия Макогина — женская форма фамилии Макогин, и в русской традиции она указывает на принадлежность к роду, основателем которого был человек по прозвищу или имени Макога. Разбирать её стоит с мужского варианта, так как именно он несёт основную смысловую нагрузку.

Фамилия Макогин образована с помощью патронимического суффикса -ин, который в северных и центральных русских говорах присоединялся к основам на -а, -я. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Макога. Слово «макога» в диалектах русского языка (особенно в южнорусских и украинских) означает «макогон» — деревянный пест или толкач для растирания мака, а также для сбивания масла. Человек мог получить такое прозвище за внешнее сходство с этим предметом (высокий, худой, угловатый), за род занятий (изготовитель макогонов, торговец ими) или за характер — упрямый, «толкущий» одно и то же.

Вероятно, что в некоторых говорах «макога» могло быть искажением имени Макар или Макарий, но это менее вероятно: слово «макогон» бытовало широко, и прозвище от него встречается в старых документах. Например, в «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается крестьянин Макагон (XV век, Новгород), что подтверждает древность такой модели.

Географически фамилия Макогин (и, соответственно, Макогина) тяготеет к югу России и Украине, а также к казачьим областям — Дону, Кубани. Встречается она и в центральных губерниях, но реже. Носители фамилии Макогина, скорее всего, происходят из крестьянской или казачьей среды, где прозвища по бытовым предметам и занятиям были обычным делом.

Уникальная деталь этой фамилии — сохранение старой формы слова «макога» (с ударением на второй слог, на «о»), в то время как в литературном языке и большинстве говоров закрепилось «макогон». Это указывает на архаичность или диалектную особенность речи предков, где конечный согласный «н» мог отпадать, как в словах «батога» (вместо «батог») или «пирога» (вместо «пирог»). Таким образом, фамилия Макогина — не просто «относящаяся к макогону», а хранящая следы живой народной речи, которая не подчинилась книжной норме.