Фамилия Макогонова — один из тех случаев, когда прозвище предка напрямую указывает на его занятие. В основе лежит украинское слово «макогін»: так называли деревянную палку с закруглённым концом, которой в ступе толкли мак, семена льна, творог или сбивали масло. Считалось, что при таком способе мак сохраняет аромат лучше, чем при перемалывании на жерновах. Человек, получивший прозвище Макогон, мог быть тем, кто делал эти палки, торговал ими или постоянно использовал в работе — например, поваром или мастером по выжимке макового масла.

Модель образования фамилии проста: прозвище Макогон плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов. Фамилия Макогонова — женская форма, а мужская, Макогонов, означает «сын или потомок Макогона». Такая схема характерна для фамилий, которые формировались в центральных и южных областях России, а также на территориях, исторически связанных с Украиной, где слово «макогін» было в обиходе. Географически фамилия чаще встречается в регионах бывшей Малороссии и прилегающих к ней южнорусских землях.

Известный носитель фамилии — Михаил Андреевич Макогонов (1900–1943), советский шахматист, мастер спорта СССР. Его партии и этюды до сих пор изучают любители шахмат. Этот пример показывает, что прозвище, данное за ремесло много поколений назад, со временем стало фамилией человека, прославившегося в совсем другой области.