Фамилия Макогонская — одна из тех, что по суффиксу сразу выдают своё происхождение. Окончание -ская (женский род от мужского Макогонский) указывает на типичную модель польской, украинской или белорусской шляхты, а также на фамилии, образованные от названий мест. В большинстве случаев носители этой фамилии — потомки людей, владевших или живших в населённом пункте с корнем «Макогон». Таких сёл и хуторов в исторических документах встречается несколько, особенно на территории современной Украины и юго-западных губерний Российской империи.

Основа «Макогон» — прозвище, а затем и фамилия, которая легла в основу топонима. Слово «макогон» в украинском и южнорусских говорах означает деревянный пест для растирания мака, масличных семян в макитре. Прозвище Макогон могли дать человеку крепкому, коренастому, либо тому, кто занимался изготовлением или продажей этой домашней утвари. Встречается и ироничное значение: так могли назвать медлительного или, наоборот, настырного человека — по аналогии с монотонной работой пестом.

Версия с географическим происхождением наиболее вероятна для фамилии Макогонская. Если предок получил фамилию от названия имения или деревни Макогоны, Макогоновка, то его потомки, переезжая, сохраняли привязку к месту. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века фамилия Макогонский (Макогонская) встречается среди мещан и однодворцев, то есть не обязательно среди дворян, несмотря на «шляхетский» суффикс. В сословном плане это говорит о том, что предки могли быть свободными крестьянами, казаками или мелкопоместной шляхтой, которая со временем утратила привилегии.

Редкость фамилии объясняется её локальностью. В отличие от массовых Ивановых или Кузнецовых, Макогонские — компактная группа, чьи корни уходят в Поднепровье или Правобережную Украину. Встречаются также варианты написания через «а» — Макоганская, но это, скорее всего, результат ошибки писарей при переносе фамилии в русскоязычные документы.