Фамилия Макогоненко — украинская по происхождению, образована от прозвища Макогон с помощью патронимического суффикса -енко, который в украинской ономастике означает «сын» или «потомок» (аналогично русским фамилиям на -ов/-ев). То есть Макогоненко — буквально «сын Макогона», и носитель этой фамилии — потомок человека, которого в народе прозвали Макогоном.

Само прозвище Макогон восходит к нарицательному слову «макогін» — так на Украине называют деревянную закруглённую внизу палку, которой толкут семена льна, растирают мак, творог, масло и другие продукты. Инструмент был настолько распространён в домашнем хозяйстве, что стал основой для прозвища, а затем и фамилии. Считалось, что при перетирании мака в макогоне он сохраняет аромат лучше, чем при перемалывании, поэтому в традиционной украинской кухне макогон ценили особо.

Вокруг макогона сложилось несколько устойчивых обычаев. Например, мак для рождественской кутьи должен был перетирать мужчина — отец семейства, причём делал это с молитвой. В этом ритуале макогон символизировал мужское начало, и перед Рождеством часто специально покупали новый. Другой обычай связан со сватовством: если девушка отказывала парню, она возвращала сватам принесённый хлеб или дарила тыкву. В народе о таком неудачнике говорили, что он «вхопив гарбуза» (получил тыкву) или «облизав макогін» (облизал макогон). В некоторых районах Украины во дворе отвергнутого парня на потеху соседям даже сооружали гигантский макогон из соломы.

Прозвище Макогон могло закрепиться за человеком по двум причинам. Первая — профессиональная: предок носителя фамилии либо сам изготавливал макогоны на продажу, либо постоянно работал с этим инструментом, перетирая мак и другие продукты. Вторая — бытовая: прозвище могли дать в насмешку человеку, который, по слухам, когда-то «облизал макогон» при неудачном сватовстве. Однако профессиональная версия выглядит правдоподобнее: фамилии такого типа чаще возникали как указание на ремесло, а не на единичный курьёзный случай.

Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской фамильной системе. Он характерен для центральных, восточных и южных регионов Украины, особенно для Полтавщины, Черкащины, Киевщины. Поэтому географически фамилия Макогоненко скорее всего сформировалась именно в этих областях, где макогон был привычной домашней утварью, а традиция толочь мак вручную сохранялась дольше всего.

Позже прозвище Макогон, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах, а его производная форма на -енко закрепилась как родовая фамилия.