Фамилия Макогонский — одна из тех, где географическая привязка очевиднее, чем прозвище. Она образована по продуктивной модели с суффиксом -ский, который в русских фамилиях чаще всего указывает на происхождение от названия места: села, города, урочища. Значит, первый носитель фамилии, скорее всего, был выходцем из населённого пункта с основой «Макогон» или «Макогоны». Такие топонимы действительно встречаются — в западных областях Украины и Беларуси есть несколько хуторов и сёл с названием Макогоны, Макогоново. Поэтому основа фамилии — не личное имя, а географический объект.

Корень «макогон» сам по себе прозрачен. В украинском и южнорусском говорах макогон — это деревянный пест для растирания мака, изготовления макового молочка или толчения сала. Слово составное: «мак» и «гнати» (гнать, давить). Прозвище Макогон могли дать человеку, который делал такие песты, либо тому, кто занимался приготовлением маковой начинки — ремесло, распространённое в сёлах. Однако в фамилии на -ский мы видим не прямое прозвище, а указание на место: «он из села, где живут Макогоны». То есть сначала появилось родовое или поселенческое название, а уже от него — фамилия.

Интересно, что фамилия Макогонский почти не встречается в центральных и северных губерниях России. Её ареал — Черниговщина, Киевщина, Подолье, а также смежные территории современной Беларуси. Это объясняется тем, что суффикс -ский в польской и западнорусской традиции часто присоединяли к уже существующим прозвищным фамилиям, чтобы подчеркнуть шляхетское или казацкое происхождение. В Речи Посполитой фамилии на -ский были маркером благородного сословия, поэтому многие крестьяне и казаки, получая землю или чин, «поднимали» свою фамилию, добавляя этот суффикс. Макогонский мог стать Макогоном, который приписался к какому-то селу или получил панцирного боярина.

В написании фамилии возможны варианты: Макогонский, реже Макогоньский (с мягким знаком, что ближе к польской орфографии). Ударение, как правило, падает на второй слог — Макого́нский, хотя в некоторых говорах могут произносить с ударением на последний слог, под влиянием польских фамилий. В современной России фамилия редкая, её носители в основном сосредоточены на юго-западе страны и в украинской диаспоре. Несмотря на «шляхетский» суффикс, социальная история фамилии скорее крестьянско-казацкая: предки были людьми, которые либо делали макогоны, либо жили в селе, где это слово стало названием.